  アルフレッドを討て――密かに進む暗殺計画 「戦う力を持たないような弱い立場の人々を守る」と言う任務があった為、 スカッド・フリーダムは連合軍とギルガメシュの争いには直接は参加しませんでした。 難民たちを支援する事業を立ち上げるなど、連合軍にはできないことをしてきたのが これまでのスカッド・フリーダムです。 アルフレッドが拠点としている佐志にも協力を持ちかけていました（シーズン１最終回）。 ところが、第２２回終盤で事態が急変！ 連合軍の作戦に関わってきたアルフレッドを「世界の秩序を乱す災いのもと」と危険視し、 刺客を差し向けてきたのです。 史上最悪のテロリスト、ジューダス・ローブを迎え撃つべく共同戦線を張るなど アルフレッドたちとスカッド・フリーダムは友好的な関係だったのですが、 ここに至って全面対決は避けられない状況となりました。 発端は『史上最大の作戦』―― ギルガメシュに殺された同志のカタキを討つべくスカッド・フリーダム本隊から離脱し、 連合軍に加わったパトリオット猟班（※ジャーメインたちのチーム）。 このパトリオット猟班ともアルフレッドは同盟を結んでおり、 そのことでスカッド・フリーダム本隊の反感を買ったのか。 ところが、抹殺指令の引き金は意外としか言いようのないものでした。 武力決戦『両帝会戦』で一敗地に塗れた連合軍は、 主将を務めたエルンスト（テムグ・テングリ群狼領の御屋形様）の降伏をもってして、 ギルガメシュに恭順の姿勢を見せました。 もちろん、これはアルフレッドが立てた作戦のひとつ。 降伏したように見せかけて再起のチャンスを狙い、逆転を図るというものでした。 スカッド・フリーダムは『史上最大の作戦』そのものを危険視したのです。 全世界から武将たちが集まった連合軍は、それ自体が時代を動かす存在と言えます。 そのように巨大な存在がアルフレッド個人の意思で動かされていると スカッド・フリーダムは考えていました。 しかも、アルフレッドは故郷を滅ぼされた復讐しか考えていないと誤解。 ただひとりの復讐のために連合軍が、時代が操られている――そのような事態を 「戦う力を持たないような弱い立場の人々を守る」スカッド・フリーダムが 見過ごせるはずもありません。 アルフレッドを独裁者のように見なした挙げ句、 正義の名のもとに抹殺指令を発動してしまったのです。 しかし、アルフレッドにとって『史上最大の作戦』は ギルガメシュに逆転劇を仕掛けるためには決して外せないこと。 スカッド・フリーダムの主張に頷けるわけがありません。 両者の激突は、まさしく避けては通れないものでした。 スカッド・フリーダムの一員だったジャーメインも 「アルフレッドに命を奪われる理由はない」と激怒し、 かつての仲間に拳を向けることを決意。 ところが、襲来した刺客はスカッド・フリーダムの中でも トップクラスの腕利きが揃っており、ジャーメインにも辛い戦いとなってしまいます。 テムグ・テングリ群狼領の猛将が味方に付いているとはいえ、苦戦は必至。 フィーナたちがいなくなった今、アルフレッドはかつてない危機を迎えます！
 アルフレッドを「世界の秩序を乱す災いのもと」として抹殺する決断を下した スカッド・フリーダムですが、必ずしも隊内で意見が統一されているわけではありません。 そもそも、抹殺指令を強く推進したのは幹部のひとりでしかなく、 他の面々は「義のある戦いではない」と反対していたのです。 結局は強引に押し切られてしまいましたが、 「力弱き人々の護民官」として戦ってきたスカッド・フリーダムが 暗殺に手を染めることは誤りとする声は止まりません。 正義の名のもとに戦ってきた同志の間にも亀裂が走ります。  アルフレッド抹殺を押し通し、シルヴィオを重大な会合から弾いたのは、 スカッド・フリーダムの全ての戦闘を統括する要職、戦闘隊長。 以前はシュガーレイが務めていましたが、 彼が脱退した現在はエヴァンゲリスタと言う男に交代しています。 難民支援への参画を求めて佐志にも訪れたことがあるエヴァンゲリスタ。 「スカッド・フリーダムの闇を知る男」と呼ばれる新しき戦闘隊長の真意とは!? 
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